1、转录因子调控分析

转录因子是一种具有特殊结构、能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。通过对被调控基因启动子区的序列分析可预测转录因子的motif序列，也可以通过已知转录因子的motif序列寻找其潜在的调控基因。芊陌生物主要通过meme、JASPAR等数据库对转录因子的潜在调控基因和motif进行分析。

2、蛋白相互作用位点分析

IP实验确定互作的蛋白质分子时，通过对两个蛋白分子的互作位点分析，可进一步预测蛋白互作的关键氨基酸位点。芊陌生物使用SWISS-MODEL对互作蛋白分别建模，再通过HADDOCK进行模型互作分析，以确定蛋白间互作的氨基酸位点。

3、小RNA的靶基因预测及功能分析

小RNA包括miRNA、tsRNA的靶基因的预测及靶基因的功能分析，可初步了解小RNA参与的生物学功能，并提供候选靶基因列表用于实验验证。芊陌生物通过多个数据库对小RNA的靶基因进行预测分析，可基于小RNA序列直接预测潜在靶基因，并提供最小自由能、p-valμe等用指标用于筛选候选基因。芊陌生物使用的数据库和预测工具包括：miRanda、RNAhybrid、TargetScan和Risearch等。

4、甲基化、磷酸化位点预测分析

RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-methyladenosine，m6A）、胞嘧啶羟基化（m5C）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）等，其中m6A甲基化是真核生物RNA中最常见的一种转录后修饰，大约占到了RNA甲基化修饰的80%左右。

芊陌生物可提供多种工具对m6A位点进行预测分析，如M6AMRFS、M6APred-EL、DeepM6Aseq，并通过m6Acomet进一步对m6A甲基化的功能进行注释。

蛋白质磷酸化是生物界最普遍，也是最重要的一种蛋白质翻译后修饰。在细胞中，大概有1/3的的蛋白质被认为是通过磷酸化修饰的。蛋白质的磷酸化修饰与多种生物学过程密切相关，如DNA损伤修复、转录调节、信号传导、细胞凋亡的调节等。磷酸化位点的检测和分析对于理解生物学过程和疾病发生机理非常重要。磷酸化主要集中在丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸 残基上，这些残基上具有游离的羟基，且本身不带电荷，当磷酸化后蛋白质便具有了电荷，从而使结构发生变化，进一步引起蛋白质活性的变化。

芊陌生物可基于目标蛋白的氨基酸序列进行磷酸化位点的预测分析，使用的分析工具包括：NetPhos、GPS和MμsiteDeep等工具。

5、基因富集分析（GSEA）

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)，用来确定一组先验定义的基因集是否在两种生物状态之间显示出统计学上显著的、一致的差异，是一种基于基因集的富集分析方法。

芊陌生物可以根据客户需求进行GSEA的分析服务。

6、GEO数据库挖掘分析

GEO数据库是一个由美国国立生物技术信息中心（NCBI）创建和维护的基因表达数据库。GEO数据库的数据类型包括基因表达、转录组、miRNA表达、药物敏感性等多种类型的数据。

芊陌生物提供对GEO数据库中数据的重分析，包括差异转录组、热图、火山图、PCA、GO和KEGG的功能富集分析等分析服务。

7、组学数据上传服务

芊陌生物提供高通量组学原始数据上传服务，可根据客户需求上传至公共数据库，以获得文章发表所需的登录号。如NCBI中的GEO、SRA等、ProteomeXchange等。